We are interested in motivated undergraduate students (Bachelor/Master), graduate students (PhD students) to join the group.
If you want further information please email madamczyk@ch.pw.edu.pl

OFERTA DLA DOKTORANTÓW w projekcie OPUS (2016-2019)

” Wpływ mobilnych elementów na metabolizm bakterii. Dynamiczne polimery alfahelikalnych białek plazmidowych typu Kfr w organizacji prokariotycznego “wrzeciona mitotycznego”

Oferta dotyczy badań w ramach pracy doktorskiej jak również wolontariatu studenckiego. Pozycja na stanowisku doktoranta jest finansowana przez Narodowe Centrum Nauki. Badania dotyczą wyjaśnienia roli białka Kfr w biologii plazmidów, które mają szeroki zakres gospodarzy. Co to znaczy? To znaczy, że tego typu plazmidy są wszędobylskie i mogą z powodzeniem ulegać replikacji w różnych klasach bakterii. Z jednej strony czyni to z nich cenne narzędzie biotechnologiczne, a z drugiej kłopotliwy mobilny element genetyczny, który jest odpowiedzialny za szerzenie się lekooporności wśród odległych filogenetycznie gatunków bakterii izolowanych z gleby, środowiska wodnego i od pacjentów szpitali. Plazmidy te są bardzo stabilne, czyli bez presji selekcyjnej (np. dodania antybiotyku do hodowli) utrzymują się w komórkach przez wiele generacji. KfrA, bierze udział w stabilizacji cząsteczek plazmidowego DNA. Badania są w toku, gdyż chcemy zrozumieć na czym dokładnie polega udział Kfr w tym procesie. Jednym z podejść badawczych do zagadnienia jest przeprowadzenie analizy strukturalnej białka, a KfrA ma bardzo ciekawą strukturę, ponieważ wygląda jak lina okrętowa.

Projekt, którym chcę państwa zainteresować, jest  realizowany w konsorcjum, tak więc nie jesteśmy sami. Część zadań badawczych dotyczy analizy mikroskopowej i lokalizacji białek w komórce przy pomocy znaczników fluorescencyjnych, analizy TEM (mikroskopii elektronowej, badań oddziaływania Kfr z innymi białkami np. przy pomocy termoforezy) oraz analizy metabolomu bakterii, które niosą plazmidy ze zmutowanymi genami kfr. Aby przeprowadzić dokładną charakterystykę białek Kfr konieczne jest również zaprojektowanie mutantów w domenach funkcyjnych tego białka. Przeprowadzimy analizę wiązania zmutowanych form Kfr do oligonukleotydów immobilizowanych na sensorze i wyznaczymy stałe wiązania przy pomocy wagi kwarcowej.

Podsumowując, praca dotyczy: prowadzenia hodowli bakteryjnych, manipulacji DNA, PCR, klonowania, nadprodukcji i oczyszczania białek, obrazowania białek oraz badania oddziaływań in vivo oraz in vitro, przy użyciu najnowszych technik biofizycznych, na koniec……..metabolomiki oraz analizy modyfikacji białka metodą spektrometrii mas. Nie wszystkie zadania będą realizowane na terenie Wydziału Chemicznego Politechniki Warszawskiej. Prace już trwają.

Jeśli są państwo zainteresowani ofertą, to poproszę o przesłanie CV.

Proszę pisać do mnie, jeśli nasuną się Państwu nowe pytania.